通信対戦専用のシステムとして最も特徴的なものが、この“ジオキューブ”です。
ジオキューブの設定を使用すると、対戦が始まる前に、対戦で使用するジオキューブを双方で選ぶことができます。
ジオキューブとは、戦闘マップ上で敵、味方もしくは全体に影響を及ぼす特殊効果です。
ジオキューブの種類は30以上。「ランダムで1体のキャラが即死」「選んだキャラのＨＰとＳＰが入れ替わる」「全てのキャラの位置がランダムで変化する」 「赤毛のデビルバスターを中立キャラとして召喚」など様々なものがあります。

対戦前にお互い使用したいジオキューブを8個選びます。相手と同じものを選ぶことも可能です。ただし、同じジオキューブを2つ以上選ぶことはできません。

上手にジオキューブを利用できれば、どんなにレベル差のある強敵にも打ち勝つ可能性が出てきます。